Questo conferma che c'è un problema sul vecchio file di progetto, evidentemente si è danneggiato e questo manda Studio in confusione.
Per evitare di rifare tutto prova a fare in questo modo: apri il progetto danneggiato ed accertati fino a quale punto sulla timeline tutto funziona bene.
A questo punto seleziona sulla timeline tutta la parte di progetto funzionante, clicca col pulsante destro e scegli "Copia".
Clicca su File ---> Nuovo ---> Filmato per creare un nuovo progetto
Clicca col pulsante destro sulla nuova timeline vuota e incolla ciò che avevi copiato.
Prova ad effettuare le operazioni di editing che nel vecchio progetto non ti riuscivano e verifica se il problema è stato risolto.
Saluti.