Da Studio ja keine Originaldateien verändert, ist dies nur über einen Umweg möglich!
Du holst Dir die Szenen, die Du verwenden willst, auf die Timeline und erstellst daraus eine Datei (Entweder in AVI oder Mpeg). Danach kannst Du dann die Originaldatei und die zugehörige "*.scn" löschen.
Beim nächsten Einfügen der neu erstellten Datei kannst Du dann die Szenenerkennung laufen lassen, und so annähernd die ursprüngliche Szenenaufteilung erhalten.
Nachteil: Der Timecode ist nicht mehr vorhanden.