Primero prueba a ver si funciona configurando las opciones de el proyecto para que de antemano sea 1920x1080/60i - si ese es el formato de los archivos mp4 que tu estas usando en la linea del tiempo.

Si eso no te da el resultado de que Studio 12.1 no siga renderizando de fondo estos archivos cuando estan en el proyecto (que ya no se vea la linea en verde), entonces la unica opcion que va quedando es que actualizes al Studio 14 donde viene soporte adicional para estos nuevos formatos de video HD.