RuedigerB:
Hallo Rüdiger, Steffen und Andi,
Das Verhalten von Studio ist in diesem dargestellten Fall durchaus logisch erklärbar!
Wenn man mehrere Videospuren gleichzeitig belegt, sind diese ja jeweils mit dem gleichen Timecode auf der Timeline belegt und darüber miteinander verknüpft. Alles was auf der Hauptspur geschieht (Schneiden, Einfügen, Verkürzen, Verlängern) wirkt sich auf die darunterliegenden Spuren aus. Deshalb ist die Reihenfolge der durchzuführenden Arbeitsschritte von größter Bedeutung, wenn man sich viel Nacharbeit ersparen will! 
Wird jetzt in der Hauptspur ein Übergang (mit Ausnahme des ersten 2D-Überganges, da hier ja eine Schwarzblende eingefügt und nichts überlagert wird) eingefügt, rücken ja alle zeitlich folgenden Clips auf allen Spuren um die eingestellte Übergangsdauer nach vorne. Dadurch überlagert der zweite Clip auf der Overlayspur den Ersten. Dieser zweite Clip und alle folgenden stehen also weiterhin synchron unter den Clips auf der Hauptspur.
Fügt man jetzt allerdings einen Übergang zwischen dem ersten- und dem zweiten Clip in der Overlayspur ein, so rücken nur alle direkt hintereinanderliegenden Folgeclips auf der Overlayspur noch einmal um die Übergangslänge nach vorne und der erste Clip wird dabei ein weiteres Mal um diese Länge überlagert.
Es ist aber dennoch möglich in Studio die Übergänge absolut deckungsgleich untereinander anzuordnen! 
Möglichkeit 1:
Hierzu müssen dann allerdings beim Erstellen des Überganges auf der Hauptspur die Video- und die Tonspur der Overlayspur gesperrt sein!
Gibt man diese danach wieder frei, und fügt jetzt den Übergang ein, liegen sowohl der Übergang wie auch der zweite Clip wieder synchron untereinander.
Aber Vorsicht!!! Durch das Sperren der Overlayspur, haben sich alle eventuell weiter hinten auf der Timline befindlichen einzelnen Clips in Dieser, relativ zur Hauptspur verschoben.
Von daher scheint mir die zweite Möglichkeit sicherer zu sein!
Hierbei wird ohne Spuren zu sperren der Übergang auf der Hauptspur eingefügt. Jetzt wird der verkürzte Clip auf der Overlayspur wieder auf die Ursprungslänge (bis zum Ende des darüberliegenden Überganges) aufgezogen und dann der Übergang dort platziert.
Jetzt sollten die Haupt- und Overlayspur, wie auch die beiden Übergänge wieder absolut Synchron sein.
Die Titelspur stellt hier einen Sonderfall dar! Da hier ja nur Texte und Bilder (keine Vdeos) eingefügt werden können, werden hier ja nur die Standzeiten und Ablaufgeschwindigkeiten durch die Verkürzung bzw. Verlängerung beinflußt. Liegen hier also zwei Titel direkt hintereinander, scheint es so, als ob Studio beim Einfügen eines Überganges in diesem Fall nur die Hälfte der Übergangszeit überlagert und dann beide Titel um den gleichen Betrag verlängert.
Um diesen Übergang mit den beiden darüberliegenden deckungsgleich zu bekommen, muss man die Trennung der beiden Titel in die Mitte des darüberliegenden Überganges legen. Nach dem Einfügen des Überganges, liegt dieser dann in einer Reihe mit den beiden anderen untereinander.