Ich lege in den Einstellungen fest, in welchem Verzeichnis die Projektdaten abgelegt werden sollen.
Darüber hinaus speichere ich meine Projekte ebenfalls in dem von mir vorgegebenen Verzeichnis.
Das geht bei mir auch gar nicht anders, weil meine BootCamp Partition (siehe Profil) relativ knapp berechnet ist und ich deshalb für die Quell- und Projektdaten auf eine externe Festplatte ausweichen muss.
Damit scheint es jedoch keinerlei Probleme zu geben. Zumindest bis jetzt geht das einwandfrei.
"Aufräumarbeiten":
Wenn Du das so verstehst, wie mein Knirps zuhause, dann gebe ich dir den guten Rat: Lass es lieber! 
mv... räumt erst auf, wenn alle Projekte abgeschlossen sind